Le Front Polisario ne réussit pas à empêcher l'occupation des villes par les troupes marocaines et mauritaniennes. S'il est vrai qu'il jouissait d'un soutien populaire grandissant depuis le début de l'année 1975, seules quelques centaines d'hommes avaient été entraînés et enrôlés dans des groupes de guérilla avant octobre 1975.
Mais, presque tous les soldats sahraouis des Tropas Nomadas et de la Police territoriale, soit au total environ un millier d'hommes bien entraînés, rejoignirent les forces du Front Polisario lorsqu'ils furent renvoyés de leurs unités sur ordre du général Gomez de Salazar, fin octobre. Avec les premières recrues des unités de guérilla du Front Polisario, ces hommes formèrent le noyau de l'Armée de Libération du Peuple Sahraoui (A.L.P.S.). Ils harcelèrent les forces marocaines et mauritaniennes et leur opposèrent souvent une résistance farouche et déterminée pour défendre les points dont ils avaient jusqu'alors gardé le contrôle, mais en définitive, ils ne parvinrent pas à tenir des positions fixes contre les Marocains et les Mauritaniens, qui étaient infiniment mieux armés qu'eux et avaient en outre la maîtrise du ciel.
 
Toutefois, le principal souci du Front Polisario était de rassembler les milliers d'hommes désormais volontaires pour se joindre aux forces de guérilla, et d'évacuer et de défendre les réfugiés qui fuyaient les villes. En cela, ils furent considérablement aidés par le gouvernement algérien qui non seulement offrit aux guérilleros des bases, des armements et de l'entraînement, mais envoya au Sahara occidental des unités de l'armée algérienne pour transporter les réfugiés et les mettre en sécurité sur le territoire algérien.
 
La mainmise de la Mauritanie sur les villes et les installations du sud du territoire devait demeurer très précaire. Les soldats marocains devaient rester à Villa Cisneros et les guérilleros du Front Polisario pouvaient donc circuler librement dans l'arrière-pays désertique. Mais le plus grave pour le président Ould Daddah était que le Front Polisario pût continuer à attaquer certains points en Mauritanie même. Le poste mauritanien d'Aïn Ben Tili avait été l'objet d'une nouvelle agression à la mi-janvier, et le président Ould Daddah avait dû appeler à la rescousse les forces aériennes marocaines. C'est alors que pour la première fois dans cette guerre, l'armée de l'air marocaine perdit un avion, un Northrop F-5 de fabrication américaine, près d'Aïn Ben Tili le 21 janvier, et trois jours plus tard, le poste tomba aux mains des guérilleros.
   
Il ne fut reprit que le 14 février. Mais il y avait quelque chose de beaucoup plus inquiétant encore pour le président Ould Daddah : le Front Polisario commençait à frapper au coeur même de l'économie de la Mauritanie, basée sur l'exploitation du minerai de fer. La centrale électrique qui alimente les mines de fer de Zouérate avait subi des tirs de mortier le 29 décembre, et le 19 avril, un groupe de guérilleros attaqua la ligne de chemin de fer qui relie les mines de Zouérate au port de Nouadhibou. Dans les deux années qui suivirent, cette ligne de chemin de fer devint l'une des cibles favorites du Front Polisario.

Plus au nord, les guérilleros perpétrèrent régulièrement des attaques-édair contre des convois ou des positions de l'armée marocaine, bien que la plupart de leurs ressources fussent consacrées à la vaste opération d'évacuation des réfugiés. Lors d'une embuscade qu'ils tendirent à un convoi marocain qui se rendait de Hagounia à El-A:ioun, le 23 décembre, ils capturèrent deux ressortissants français, et le 24 avril, ils réussirent à lancer plusieurs tirs de mortier dans le centre d'El-Aïoun.

Par ailleurs, à la fin du mois de janvier, ils avaient mis hors de fonctionnement l'industrie minière de Bou-Craa. La bande transporteuse de Fosbucraa longue de 98,6 kilomètres et les pylônes électriques reliant la centrale électrique située sur la côte aux mines - où tout fonctionnait à l'électricité - étaient aussi vulnérables aux attaques des guérilleros que la ligne ferroviaire Zouérate-Nouadhibou.

La première attaque que le Front Polisario perpétra contre la bande transporteuse après la signature de l'accord de Madrid eut lieu le 11 décembre, et le 25 janvier, la presse espagnole fit état d'un autre raid dirigé contre une de ses stations de contrôle.

Ensuite, la bande transporteuse ne fonctionna plus pendant au moins six ans. De 1976 à 1979, de petites quantités de minerai de stockage furent transportées par camion jusqu'à la côte et exportées, mais l'exploitation fut totalement interrompue de 1976 à 1982, et en 1976, Fosbucraa annonça un déficit de 1 ;772 milliards de pesetas.

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