En réalité, le nationalisme marocain devint une force politique puissante après la fondation du parti de l'Istiqlal (Indépendance) en 1944. Ainsi le gouvernement de Madrid jugea-t-il prudent, deux ans plus tard, de séparer administrativement ses colonies d'Ifni et du Sahara espagnol de son protectorat au Maroc. Ainsi, le 20 juillet 1946, un décret instaura l'Afrique Occidentale Espagnole (A.O.E.), nouvelle entité comprenant Ifni, la Seguiet el-Hamra et le Rio de Oro.

L'A.O.E. était administrée par un gouverneur général qui résidait à Sidi Ifni et était directement responsable devant le gouvernement de Madrid, par l'intermédiaire de son "bureau des colonies", la Direction générale du Maroc et des Colonies. Assisté d'un secrétaire général, il était responsable à la fois des forces militaires et de l'administration civile. Une ordonnance ministérielle du 8 février 1947 définit la partie saharienne de l'A.O.E. comme comprenant la "zone"de la Seguiet el-Hamra et la "colonie" du Rio de Oro. Toutefois, elle n'incluait pas la zone espagnole du Sud marocain, cette bande de désert s'étendant entre le Draa et le parallèle 27° 40'. Le gouverneur général de l'Afrique Occidentale Espagnole était chargé de son administration, mais comme cette zone était considérée comme faisant partie du protectorat espagnol au Maroc, il y jouait plutôt le rôle de délégué du haut-commissaire de Tétouan que celui de gouverneur général de l'A.O.E

Jusque vers le début des années 1960, le développement de la colonie espagnole se fit très lentement. Ainsi, en 1952, elle ne comptait que 216 employés civils, dont 155 Sahraouis ; le service du téléphone n'avait que 24 abonnés dans tout le territoire. En 1959, il n'y avait encore que six "sections" d'école primaire, avec sept instituteurs, six Espagnols et un Sahraoui, et un effectif total de 366 élèves, dont 139 enfants sahraouis, lo5 enfants espagnols, et 122 adultes. Autre indice édifiant : le budget total du territoire s'élevait en 1952 à 19,7 millions de pesetas seulement, dont plus de la moitié (10,2 millions de pesetas) était consacrée à la police. Ce budget devait atteindre 53,5 millions de pesetas vers 1960. L'eau étant un élément fondamental pour le développement économique, on peut considérer comme révélateur du retard de ce territoire à cette époque, le fait que jusqu'en 1960, il n'y ait eu que 130 puits dans tout le pays, dont la capacité totale d'approvisionnement en eau n'excédait pas 12.200 m3, ce qui représente à peine la quantité d'eau consommée quotidiennement dans de nombreux villages de l'Espagne.

La seule industrie était la pêche. Une compagnie de pêche appartenant à l'état, l'I.P.A.S.A., fut fondée en 1948 par l'Institut national de l'Industrie, organisme dépendant du gouvernement espagnol , il opéra un modeste investissement en implantant une usine de réfrigération et de transformation des produits de la mer. Dans les années 1950, on pêcha de 2.000 à 6.000 tonnes de poisson par an, essentiellement à Villa Cisneros et à La Guëra. La seule autre ressource exploitée par les Espagnols était les algues, que l'on ramassa à partir de 1953 pour en faire du fourrage et des engrais. La côte était divisée en quatre zones, dont chacune s'était vue accorder une concession pour les compagnies espagnoles, lesquelles payaient les ramasseurs d'algues sahraouis au poids. Les exportations du territoire se composaient principalement de poisson, de petites quantités d'algues et de quelques bêtes. En 1958, elles se montaient à 523 tonnes et représentaient une valeur de 958,015 pesetas. Les importations en revanche étaient vingt fois plus élevées puisqu'elles se chiffraient au total à 21,4 millions de pesetas.